基因追踪将 SARS-CoV-2 与野生动物市场的动物联系起来

这病毒后新型冠状病毒 （COVID-19）似乎首先是从武汉华南海鲜市场的圈养野生动物跳到人类身上的，现在一项新的研究确定了可能携带病毒。

新的分析——对市场关闭后不久收集的宏基因组 RNA 数据——也支持积累证据SARS-CoV-2 病毒的起源。

第一个麻烦的迹象2019 年底在中国湖北省省会武汉。除了现已关闭的海鲜和动物市场外，这座城市还是武汉病毒研究所 （WIV） 的所在地，科学家们在那里研究冠状病毒。

虽然研究表明 SARS-CoV-2不是在实验室制造的，它与 WIV 出现在同一个城市引起了怀疑并引发了广泛的猜测。例如，即使它是自然进化的，一种流行的理论表明该病毒也可能是逃脱研究人员从野外收集了它。

有证据不足然而，许多病毒学家表示，病毒从华南市场的许多其他哺乳动物之一跳到人类身上的可能性要大得多，那里的条件已经成熟人畜共患溢出.

为了明确起见，一个国际研究团队于 2020 年初对中国疾病预防控制中心 （CDC） 收集的数据进行了新的分析。

“这是关于 COVID-19 起源存在的最重要的数据集之一大流行病,"说该研究的资深作者、法国国家科学研究中心 （CNRS） 的进化生物学家 Florence Débarre。

“我们非常感谢这些数据的存在和共享。”

中国疾病预防控制中心的调查人员于 2020 年元旦进入华南市场，当时市场因 COVID 关闭数小时后。虽然动物已经走了，但该团队从环境中采集了样本。

在最初对饲养动物的隔间表面进行擦拭后，该团队几天后返回，对更多的摊位、笼子和手推车进行擦拭，并从下水道和下水道收集样本。

他们还使用宏转录组测序来揭示样本中检测到的每种生物体的每个 RNA 序列以及一些 DNA，并将这些与截至 2020 年 2 月 14 日的 SARS-CoV-2 早期病例的样本进行了比较。

中国 CDC 团队发表他们在自然界在 2023 年。他们总共有 800 多个样本，虽然他们没有具体说明哪些动物是 SARS-CoV-2 的潜在中间宿主，但他们确实在开放访问存储库中分享了他们的测序数据。

作者解释说，这使得新的分析成为可能，该分析通过对样本的线粒体基因组进行基因分型来识别样本中的动物物种。

Débarre 与第一作者、微生物学家 Alexander Crits-Christoph 及其同事一起，在饲养动物（包括貉子和果子狸）的摊位中发现了病毒的证据。一些样本甚至在一个拭子上同时含有来自动物和 SARS-CoV-2 的遗传物质。

“在中国疾病预防控制中心的团队到达之前，许多关键动物物种已经被清除，因此我们无法直接证明这些动物被感染，”Débarre说.

“我们在环境样本中看到了这些动物的 DNA 和 RNA 幽灵，有些也在发现 SARS-CoV-2 的隔间中，”她增加.“这就是在市场上有受感染动物的情况下你所期望的。”

该研究还包括对 COVID 早期病毒基因组的进化分析，寻找引发大流行的病毒的可能前身。结果表明，以前几乎没有人被感染过与市场相关的疫情.

“在本文中，我们表明与市场相关的序列与市场涌现是一致的，”Débarre说.“SARS-CoV-2 的主要多样性从一开始就在市场上。”

根据他们的发现，作者列出了市场上最有可能起到的作用的动物物种的简短清单中间主机.

普通的貉 （Nyctereutes procyonoides）是样本中基因最丰富的动物，但他们报告说，来自蒙面棕榈果子狸（Paguma 幼虫）也与来自 SARS-CoV-2 的 RNA 一起出现在一个摊位中。

研究人员指出，这两个物种都与最初的 SARS 爆发有关，普通的貉子已知对 SARS-CoV-2 易感。

“我们知道，这些动物与促成最初的 SARS 的动物相同冠状病毒在 2002 年跳入人类，”说亚利桑那大学的生态学家迈克尔·沃罗贝。

“这是我们能做的最冒险的事情——带走那些浑身是病毒然后通过让它们与生活在大城市中心的人类接触来玩火，这些城市的人口密度使这些病毒很容易扎根，“Worobey增加.

虽然这项新研究没有证明任何动物感染了 SARS-CoV-2，但它确实提供了有助于未来调查的线索，并进一步将华南市场确立为 COVID 的发射台。

“这篇论文为不断积累的证据增加了另一层，这些证据都指向相同的情况：受感染的动物于 2019 年 11 月中下旬被引入市场，这引发了大流行，”说美国斯克里普斯研究所的进化生物学家克里斯蒂安·安德森。

这不仅与对 COVID 起源的回顾性研究有关，而且与预防未来的大流行病.

“自四年多前大流行开始以来，尽管人们越来越关注实验室安全，但并没有采取太多措施来降低此类人畜共患病情况再次发生的可能性，”Worobey说.

该研究发表在细胞.

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