计算生物物理学或生物信息学下的高中水平研究课题有哪些可行?注意:不需要核心实验室流程的主题是研究委员会的首选。
生物信息学/计算生物学/计算生物物理学的美妙之处在于,您不必担心任何实验室过程,更不用说“硬核”过程了。网上有大量免费提供的数据,大多数最有趣的数据工具也是免费的和开源的。现代笔记本电脑具有足够的计算能力来运行该领域的有趣分析,AWS 甚至通过其免费套餐提供一些重要的云计算。
可用资源包括大量原始 DNA/RNA 序列数据、大量组装和注释的 DNA/RNA/蛋白质数据、基因表达数据、实验确定和计算预测的蛋白质结构、代谢途径、癌症基因突变等等。
很难确定高中项目的正确范围——这在很大程度上取决于你能否接触到熟悉你所工作空间的导师,但沿着这些思路的一些想法可能是可行的。
- 从COSMIC(癌症数据库中的突变)中鉴定复发性氨基酸替代;将它们映射到三维结构(预测或实验)上,并确定它们是否是表面/暴露的,它们属于哪种类型的二级结构
- 识别蛋白质多个比对中可能的蛋白质-蛋白质相互作用特征(更多关于这个想法在我的博客上
- 通过敲除另一种代谢物的基因来模拟大肠杆菌对一种代谢物产生的影响
- 鉴定各种基因组中甲基化的DNA位点,并探索这些位点在同一物种的其他菌株中的保守程度
- 检查SARS-CoV-2序列的进化
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